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各市国家税务局、市内各国家税务局：
现将《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）转发你们，请结合以下意见一并贯彻执行，执行中发现问题请及时向市局反馈。
一、实行查帐征收企业所得税的运输企业，在地税取得货物运输发票时已代征的企业所得税，可在国税办理企业所得税年度申报前，集中一次录入“预缴税款调整”模块，作为当期当年预缴税款处理，超缴税款可以抵缴下一年度税款或申请退库。具体操作如下：
（一）已代扣税款需抵缴税款的纳税人，须上门办理企业所得税年度申报，同时报送代扣税款缴款书的正式件和复印件。经管理员审核后在申报表中右下方税务机关填写栏次中填写审核意见，在缴款书正式件加盖“已抵缴”章并退回，复印件留存。
（二）纳税人填写企业所得税年度纳税申报表时，应将地税代扣的所得税税款金额与已向国税系统申报缴纳的税款合计填写在“已预缴的所得税额”。
（三）办税服务厅受理企业所得税年度纳税申报表之前，根据管理员审核确认的地税代扣所得税款金额，录入CTAIS“预缴税款调整”模块，所属期为当年1月1日至12月31日。
二、实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。
三、享受全额减免所得税的新办运输企业，在地税取得货物运输发票时已代征的税款，由地方税务局办理退税。
二○○六年四月三十日
